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RNA pull- down實(shí)驗常見(jiàn)問(wèn)題

問(wèn)題1RNA 降解

可能原因:1)無(wú)核酸酶的環(huán)境被破壞

2)體外轉錄的RNA探針降解

解決辦法:1)清洗和使用新開(kāi)的離心管和試劑等

2RNA探針合成后,電泳檢測其長(cháng)度和濃度

 

問(wèn)題2RNA結合蛋白的親和力不夠:

可能原因:1)結合緩沖環(huán)境沒(méi)有優(yōu)化

2)裂解不完全

3)磁珠用量不足

4RNA探針用量不足

解決辦法:1)優(yōu)化孵育時(shí)間、溫度 、鹽濃度等條件

2)增加裂解液和蛋白上樣量的比例

3)增加裂解液

4)增加磁珠用量

5)增加探針用量

6)確定生物素和鏈霉親和素效率

 

問(wèn)題3RNA結合蛋白沒(méi)有結合

可能原因:1)靶蛋白量不足

2)緩沖體系不對

3RNA探針和蛋白的親和力本來(lái)就低

解決辦法:1)增加上樣蛋白量

2)應用低鹽體系

3)加入交聯(lián)試劑

 

問(wèn)題4:結合的非特異性高

可能原因:1)緩沖環(huán)境沒(méi)有優(yōu)化

2)緩沖環(huán)境嚴謹性低

3)樣品沒(méi)有裂解完全和裂解體系沒(méi)有優(yōu)化

解決方法:1)優(yōu)化孵育時(shí)間溫度 鹽濃度等條件

2)使用嚴謹性高的緩沖體系

3)調低RNA探針和樣品的比例

4)提高裂解液的量

 

問(wèn)題5WB信噪比高

可能原因:1)陽(yáng)性信號率低

2)一抗效率低

3)蛋白沒(méi)有充分溶解

解決方法:1)增加二抗的量

2)用敏感度的化學(xué)發(fā)光液

3)用細胞裂解液預孵一抗

4)增加樣品的量

5)確定有沒(méi)有其他可能的結合情況

6)增加裂解液用量


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